Fokus dan ruang lingkup Jurnal Musala JKPIN adalah tentang pesantren dan kebudayaan Islam di Nusantara. Kajian pesantren meliputi sejarah, tokoh, hingga karakteristik pembelajarannya. Sedangkan kebudayaan Islam Nusantara mencakup tradisi dan perkembangan masyarakat dalam menanggapi dan melestarikan kebudayaan Islam yang ada di nusantara. Tema-tema kajian Jurnal Musala JKPIN adalah sebagai berikut:

1. Model Pembelajaran Pesantren
2. Kajian Kitab-kitab Turats di Pesantren
3. Biografi dan Tokoh Pesantren
4. Karakteristik Kebudayaan Pesantren
5. Peran kiai di pesantren
6. Sejarah Islam Nusantara
7. Karakteristik Islam Nusantara
8. Tokoh dan peran ulama Nusantara